Sebelum Pengadilan Tata Usaha Negara Samarinda berdiri, semua sengketa tata usaha Negara yang melibatkan badan atau pejabat tata usaha Negara di wilayah hukum provinsi Kalimantan Timur diajukan kepada Pengadilan Tata Usaha Negara Banjarmasin. Hal tersebut sesuai pasal 2 Surat Keputusan Presiden R.I. Nomor 41 Tahun 1992 tentang pembentukan Pengadilan Tata Usaha Negara di Pontianak, Banjarmasin, dan Manado yang menyebutkan :
“Daerah Hukum Pengadilan Tata Usaha Negara Banjarmasin meliputi seluruh wilayah Kabupaten dan Kotamadya Daerah Tingkat II yang terdapat didalam wilayah Provinsi Daerah Tingkat I Kalimantan Selatan, wilayah tingkat I Kalimantan Tengah,dan wilayah Provinsi Tingkat I Kalimanta Timur “.
Atas dasar alasan-alasan tersebut maka selanjutkan sekitar tahun 1994,terbitlah Surat Keputusan Presiden R.I. Nomor 22 Tahun 1994 yaitu tentang pembentukan Pengadilan Tata Usaha Negara di Bandar Lampung, Samarinda dan Denpasar. Menurut pasal 2 Surat Keputusan Presiden R.I. Nomor 22 Tahun 1994 disebutkan:
“Daerah Hukum Pengadilan Tata Usaha Negara Samarinda meliput wilayah Kabupaten dan Kotamadya dan Daerah Tingkat II yang terdapat dalam wilayah Provinsi Daerah Tingkat I Kalimantan Timur “.